Az operatív programok lebonyolításához kapcsolódó feladatok jelentős részét az irányító hatóságok – amennyiben egy adott prioritás/intézkedés végrehajtása során alkalmaznak közreműködő szervezetet – a KSZ-re delegálják. A közreműködő szervezeteket az irányító hatóságokat integráló Nemzeti Fejlesztési Ügynökség választja ki egy minősítési eljárás során. A feladatok tényleges delegálásának feltétele, hogy a közreműködő szervezet a minősítés során a feladat elvégzéséhez szükséges erőforrások, szervezeti feltételek és szakmai kompetenciák meglétéről bizonyítottan számot adjon.

Az IH a programokkal kapcsolatban ellátja a KSZ-ek szakmai felügyeletét. Az egyértelműség és számon kérhetőség érdekében egy-egy prioritás (központi program vagy pályázat) teljes végrehajtási folyamatának lebonyolítása egyetlen közreműködő szervezet feladatkörébe tartozik. A végrehajtás hatékonyságának biztosítása érdekében a közreműködő szervezetek teljesítményét rendszeresen értékelik.

A közreműködő szervezetek feladatait az intézményrendszerről szóló magyar jogszabály rögzíti, a feladatok részletezését, ellátásának módját és a finanszírozási feltételeket az IH és a közreműködő szervezet között létrejött feladat-ellátási szerződés rögzíti.

A közreműködő szervezetek feladatai közé tartozik többek között a központi projektek lebonyolítása, a pályázatok érkeztetése, értékelése, a döntés-előkészítés, a szerződéskötés, illetve módosítás, a nyomon követés, az ellenőrzés, a szabálytalanságok jelentése; az elszámolások és kifizetések, illetve az azokhoz kapcsolódó feladatok, valamint a projektzárás is.